Grundlage der Arbeit bilden die Basisgruppen von OIDHO in den verschiedenen Dörfern. Diese wählen ihre lokalen Komitees und bestimmen ihre VertreterInnen, die zu den regelmäßigen Hauptversammlungen und Fortbildungen von OIDHO nach Oaxaca-Stadt entsendet werden. Diese "asambleas generales" sind das höchste Entscheidungsgremium. Hier bringen die Delegierten die Meinungen der Basisgruppen zum Ausdruck. Außerdem wird dort über die politische Entwicklung in Oaxaca, Mexiko und der Welt informiert und die VertreterInnen analysieren gemeinsam deren Folgen für die indianischen Dörfer.

In den letzten Jahren setzt sich die Organisation zunehmend mit den Folgen der neoliberalen Weltmarktpolitik und der Globalisierung auseinander, von denen viele Dörfer in Oaxaca direkt betroffen sind. So wird z.B. die heimische Produktion von Lebensmitteln durch industriell hergestellte Importe aus den USA verdrängt, was zu weiterer Landflucht führt. Besonders die indianischen Dörfer im Süden Mexikos, der reich an natürlichen Ressourcen ist, werden aktuell durch ein Großinvestitionsprogramm bedroht - den so genannten Plan-Puebla-Panama. Befürchtet wird z.B., dass durch die groß angelegte Ausbeutung von Bodenschätzen und durch den Aufbau von Billiglohn-Exportfabriken die sozialen Strukturen weiter zerrissen und kommunale Ländereien veräußert werden.