Anlass zur Gründung von OIDHO war u.a. das Engagement für die Freilassung von 13 BewohnerInnen des Dorfes Trinidad Yaveo, Choapam. Diese waren 1989 festgenommen worden, weil sie ihr Land gegen Enteignung durch die lokalen Großgrundbesitzer verteidigt hatten. Bei den vorangehenden Auseinandersetzungen wurden 14 Gemeindemitglieder ermordet. Die Gewalttaten, die den lokalen Machtgruppen zugeschrieben werden, wurden aber juristisch nicht aufgeklärt.

Im Jahr 1990 zu Unrecht zu je 25 Jahren Haft verurteilt, wurden die 13 Gefangenen aus Trinidad Yaveo bis Mitte 1993 durch die Bemühungen einer Gruppe von engagierten AnwältInnen und MenschenrechtsverteidigerInnen freigelassen.

Etwa zur gleichen Zeit besetzten die BewohnerInnen des Dorfes Mazatlan Villa de Flores 1990/91 das Rathaus der Gemeinde, das über 30 Jahre lang von lokalen MachthaberInnen (Kaziken) regiert wurde. Im Februar 1992 demonstrierten die Dörfer Trinidad Yaveo und Mazatlan Villa Flores zusammen mit einem weiteren Dorf zum ersten Mal gemeinsam. Ende desselben Jahres erklärt die Abgeordnetenkammer von Oaxaca die alten lokalen Machthaber offiziell für abgesetzt.

Bei diesen Konflikten wurde bald deutlich, dass auf dem Rechtsweg die grundsätzlichen Probleme der indianischen Dörfer oft nicht gelöst werden können, sondern deren Rechte politisch erkämpft werden müssen. Deshalb wurde am 4. Dezember 1993 die Nicht-Regierungs-Organisation OIDHO formal gegründet. Hauptziel der Bewegung ist "die Selbstverteidigung und die selbstbestimmte Entwicklung der Gemeinden. Sie respektiert deren eigene Organisationsformen und fördert die Einheit zwischen den Gemeinden im Kampf für die "Individual- und Kollektivrechte der indianischen Völker" (Selbstdarstellung OIDHO).